通常船公司都會有箱管部，是統一管理所有集裝箱，并且和各航線經營人密切配合，合理調配集裝箱。箱管部下設箱管分部，負責檢查所管轄地區內的港口集裝箱保有量，制定區域內港口間集裝箱平衡和調運計劃，并且報箱管部統籌調度解決。在裝箱運輸的時候，需要做好對集裝箱進行有效管理。箱管分部會根據開放港口的進出口箱量，確定外放港口的集裝箱合理保有量，并且會根據市場的變化而變化。拆空的集裝箱，在走尼日利亞海運過程中和集裝箱箱管部門要做好調運計劃，聯系運輸公司把集裝箱運至指定地點，方便集裝箱滿足載貨要求，加快集結箱的周轉速度。集裝箱的分配及使用要遵守的規則：當港口集裝箱，當港口集裝箱不足時，應該第一時間要確保可以調進空箱量，再考慮運距長的貨物用箱，如果集裝箱嚴重積壓貨物，要保證有重要運輸條件、特殊運輸時限要求的貨物的用箱；要保證特種貨物和特種用箱的需求。

      尼日利亞海運集裝箱進人場站后，場站應雙方協議規定，根據不一樣的航線把空箱和重箱區分擺放。集裝箱的發放和交接，應依據進口提貨單、出口訂艙單、場站收據以及這些文件內列明的集裝箱交付條款，實行集裝箱設備交接單制度。不可以把集裝箱用于設備交接單規定外的用處；必須按規定的時間和地點交箱、還箱，集裝箱在運輸、裝卸、搬運、堆存過程中因為各種因素可能會有所破壞。